人類基盤史研究所 BOARD 。「ヒトが地球を制した背景には、進化論では説明できない理由が存在する」との仮定に立ち、その理由を究明する為に作られた機関である。彼らは探求の末、不死の生命体を発見し、これらが様々な生物の祖であるとした。これらは“ Undead ”と名付けられた。数年前、アンデッドの大半の封印が解かれ、人間を襲い始めた。BOARD は所長・烏丸啓の指揮の下、アンデッドの封印を行うべく、アンデッドの能力を応用した特殊装備 RIDER_SYSTEM システム”を開発する。
BOARD の新人・剣崎は、先輩の橘と共に、バットアンデッドの封印に当たっていた。だが剣崎=ブレイドは、アンデッドの前にほとんど何も出来ず、橘=ギャレンに助けられてようやく封印に成功する。そんな2人に、白井虎太郎という青年が唐突に取材を申し入れてきた。虎太郎は「仮面ライダー」という都市伝説を追っており、先ほどの始終を見て、剣崎達こそが「MASKED RIDER」であると確信していた。突然の取材オファーに剣崎達は困惑する。
前作の『仮面ライダー555』同様、怪人側にもスポットを当てた EPISODE が複数存在するが、前作が「人間の心を残したまま異形の存在になってしまった者」の悲劇を描いたのに対し、本作は「異形の存在として生まれながら人間の心を持ってしまった者」の苦悩が作中で描かれ、主人公サイドの登場人物であり、後者の要素を持つ相川始の苦悩や葛藤、その処遇を巡ったストーリーが展開された。中盤では追加メンバーである上城のトラウマに対する克服も注目された。悲劇的な結末を迎えるライダーストーリーである。奥深くて３回見えます。
